Lembaga Disiplin UMNO terdiri daripada Tan Sri Zaki Azmi (pengerusi), Datuk Nakhaie Ahmad dan Tan Sri Ahmad Razali Mohd Ali. Pada 3 Mei 2001, lembaga menyiasat tuduhan Datuk Fauzi Abdul Rahman (UMNO Kuantan) bahawa Setiausaha Agung UMNO, Tan Sri Khalil Yaakob terbabit dalam politik wang serta penyelewengan dan Badan Pencegah Rasuah sedang menyiasat. Khalil didakwa melakukan penyelewengan ketika menjadi Menteri Besar Pahang.

Bahagian UMNO yang turut bermasalah ialah Silam, Jelutong, Bukit Bintang dan Gombak. UMNO Bukit Nenas dan Daya Bumi turut bermasalah.[7]